主計室設主任1人,負責綜理全室業務;設簡任編審2人,協助主任覆核業務與文稿;下轄預算科、審核科與帳務科,各科主要職掌分別為:
預算科
(一)本院預(概)算之籌編。
(二)本院公務統計之編製。
(三)動支第一、二預備金之申請。
審核科
(一)本院各所/中心/處/室年度經費申請動支案件核辦及各項經費憑證單據之審核。
(二)年度經費流用、保留及第一、二預備金之彙整申請。
(三)各項教育訓練之籌辦。
帳務科
(一)決算報表之編製。
(二)文書檔案及憑證帳簿之保管。
(三)會計帳務處理、月報表及半年結算報告之編製。